Vom Dorf zur Stadt Seit 1999 wird auf gut 600 m2 Ausstellungsfläche in verschiedenen Erzählsträngen die Geschichte der Region gezeigt. Natur- und kulturhistorische Exponate wie urzeitliche Haifischzähne, steinzeitliche Grabfunde und Fundstücke jüngerer Epochen bilden Teile dieser umfassenden archäologischen Dokumentation. Sie zeichnen ein spannendes Bild vergangener Zeiten, das zur erstmaligen Nennung Leondings im Frühmittelalter und schließlich vom Dorf zur Stadt mit mehr als 30.000 Einwohner:innen führt.
Leonding und Apollonia Highlight der Dauerausstellung ist die rund 6300 Jahre alte „Leondine“. Das Mädchen aus der Steinzeit zählt zu den ältesten, derzeit bekannten Österreicher:innen.
Eine weitere Besonderheit des Museums ist die Darstellung der Maximilianischen Turmlinie. Apollonia, wie Turm 9 liebevoll genannt wird, ist einer von insgesamt 32 Türmen, die ehemals als Wehranlage rund um Linz erbaut wurden. Er bildet ein seltenes und wertvolles Zeugnis biedermeierlicher Baukunst.